在我们受教育过程中，一直有这样的说法，认为牛顿“年轻的时候是一位唯物主义者，努力研究科学，做出了伟大的科学贡献，比如发明微积分、发现引力、发现牛顿运动三定律。晚年的时候，他头脑糊涂了，转向了宗教的怀抱，从此再也没有科学成果。”
这个说法很流行，甚至连传教人士也这么说。可惜，这种说法是违背历史事实的。历史真相是，牛顿对于宗教的狂热远超出我们想象，而且从来都是一位虔诚到变成“异端”的教徒！
（牛顿发现万有引力定律和“苹果”并没有关系）
牛顿出生于1642年英国圣诞节（在格里高利历也就现行公历中，已经是1643年1月4日了），距今近400年了。那个时候出生于基督教欧洲的人，一生下来就要受洗，所有人默认都是基督教徒；不是教徒不相信上帝的，反而是极少数人，比如荷兰哲学家斯宾诺莎。基督教神学是希伯来宗教和古希腊哲学的集合体，神学当时在欧洲的地位是相当高的，在大学里面先要学习逻辑、修辞、科学、艺术、医学，然后才能够有资格进行学习神学。达尔文最初的专业就是神学。
牛顿的继父就是一位英国牧师，留给他一些神学著作。所以他很早就致力于研究神学。但他并不同意基督教主流的“三位一体”说。
三位一体即上帝、耶稣、圣灵（圣父、圣子、圣灵）是同一位神，牛顿认为耶稣不具有神性。
有意思的是，牛顿求学就是在剑桥大学的三一学院，他的老师巴罗就是院长。反对“三位一体”说的人从来都存在，但毕竟是少数，所以牛顿必须小心翼翼地隐藏他的观点，以免招来非议。我们在教科书上学过的牛顿“废寝忘食”躲起来做科学实验的故事，真相可能是他躲起来写他的神学文章、做炼金术实验，因为他身后留下的手稿中80%都是神学内容，总数140万字以上。
然而，宗教狂热并没有妨碍牛顿做出伟大的科学贡献，因为当时欧洲对科学与宗教的关系主流观点是“自然神学”，即宇宙万物是由上帝创造的，人们可以通过研究自然界的运行规律来证明上帝的伟大。我们可以想象，牛顿在做出他的科学贡献时，第一反应可能是“居然是万有引力！上帝太伟大了！”“力是物体运动状态改变的原因！上帝太伟大了！”牛顿依然坚定地认为，上帝会随时出手干预我们的世界，比如他解读《圣经》认为世界末日将在2060年到来。
但是，牛顿在科学上的贡献，让后世的科学家们发现，牛顿设想的需要上帝出手拯救世界的情形并不存在，我们不需要上帝这个假设就可以理解世界的运行。
所以，虔诚到“异端”的宗教信徒牛顿率先开辟的以科学理解宇宙之路，实际上导致了越来越多的科学家最终摒弃了各种宗教。这又是历史非常有意思的一面。
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